تهدف الجمعية العلمية السعودية لعلوم العقيدة والأديان والفرق والمذاهب إلى تحقيق الأهداف التالية:
1- العناية بالنشاط العلمي لعلوم العقيدة والأديان والفرق والمذاهب.
2- تحقيق التواصل العلمي بين أعضاء الجمعية وتوثيق الروابط مع المهتمين بعلوم العقيدة والأديان والفرق والمذاهب.
3- تقديم المشورة العلمية في مجال التخصص.
4- تنمية الأداء العلمي والعملي لأعضاء الجمعية وتطوير أسلوبه.
5- تيسير تبادل الانتاج العلمي، وتحقيق التواصل العلمي في مجال اهتمامات الجمعية بين الهيئات والمؤسسات المعنية داخل المملكة وخارجها.
6- العناية بالتراث العلمي في مجال تخصص الجمعية تحقيقاً ودراسة ونشراً.
7- رصد الانحرافات المتعلقة بالعقيدة والأديان والفرق والمذاهب، وبيان طرق الوقاية منها ودراسة تأثيراتها ومعالجتها.